一般地认为，反流性食管炎的发病原因是由于有化学性刺激作用的胃或肠内容物反流入食管，导致食管的远端产生炎症性的改变。实验发现，正常人也有胃食管反流的现象，但却没有临床上的任何表现。一般是进餐或饭后的反流较多；白天较多见；反流的总时间＜1小时/24小时。但若胃食管抗反流的机能不全，则会出现反流。当反流长期存在，不断刺激食管粘膜产生炎症，就会发展成为反流性食管炎。
下面几种情况，极易造成反流性食管炎。
(1)食管、胃连接处解剖和生理抗反流屏障被破坏：食管下端括约肌是食管、胃连接处抗反流屏障(即第一抗反流屏障)最为重要的结构。它处在食管和胃的交界线上约3～5cm的高压区内。此处的静息压构成了一个防止胃内容物反流的压力屏障。是一个生理作用。食管下括约肌所起的作用是：①维持一较高压力，近端高于食管腔内压力，远端高于胃内压力；②对其近端食管的膨胀(如吞咽的食团等)能起松弛反应，使其压力接近胃内压水平；③对一些生理性刺激起收缩反应，以维持一高于胃内压的压力，阻止胃内容物的反流。食管下端括约肌的抗反流作用主要受神经体液的控制。消化道及另外的激素对它也产生影响。因此，临床上可通过一途径用一些如胃泌素、胃动素等增加食管下括约肌收缩的药物来改善反流的症状。正常人群中，腹内压的增加能通过迷走神经引起食管下端括约肌的收缩，使得压力增加而防止反流性食管炎，但当食管下端括约肌的压力偏低及腹内压增加不能引起括约肌有力地收缩时，均可导致反流性食管炎。另外，拟胆碱能、多巴胺、安定、吗啡及吸烟等均可影响食管下端括约肌的功能，以诱发反流性食管炎。
(2)上皮前因素(粘液层、粘膜表面的HCO3-浓度)、上皮因素(上皮细胞膜和细胞间的连接结构、细胞代谢等)、上皮后因素(指组织的基础酸状态和血供情况)所造成的食管粘膜抗反流屏障功能的损害，即使在正常情况下，亦可造成反流性食管的发生。
(3)食管酸廓清的功能发生障碍，亦可导致反流性食管炎。食管酸廓清的功能能减少食管的粘膜浸泡在胃酸中的时间，从而达到防止反流性食管炎发生的作用，食管排空和唾液中和是正常食管酸廓清功能的两大部分。当胃中酸性内容物返流时，食管的继发性蠕动就会在10～15秒内约1～2次蠕动，几乎排空全部的反流物。而唾液中和余下的残留在食管粘膜陷窝中的少量酸液。唾液为弱碱性，能中和酸，其中和作用大小与唾液中HCO3-的浓度有明显关系。如果唾液分泌量减少，则会：①减少吞咽频率；②减低稀释、中和及清洗食管内酸性物质的作用。故两部分中哪一部分出现异常均可导致反流性食管炎。
(4)食管粘膜是鳞状上皮组织，对胃液中的盐酸和胃蛋白酸缺乏抵抗力。当幽门括约肌与食管下端括约肌压力同时低下时，消化液可反流到食管，从而浸蚀鳞状上皮发生消化作用引起炎症。一些发生食管炎的病人体内缺乏游离酸是因为胆汁与胰液和胃酸共同作用，刺激食管粘膜所造成的结果。
此外，反复剧烈呕吐、肥胖、大量腹水、插胃管等均可诱发本病。
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